small RNA测序

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small RNA筛选

对各样品的clean reads,筛选一定长度范围内的sRNA来进行后续分析。一般来说,sRNA的长度区间为18~40 nt,长度分布的峰能帮助我们判断sRNA的种类,如miRNA集中在21~22 nt,siRNA集中在24 nt等。

small RNA分类注释

将mapped到参考序列上的reads,与数据库中指定范围序列进行比对,
得到各样品匹配上的sRNA的二级结构,序列、长度等信息。
结合注释信息,尽可能的发现并去除其中的rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA,
去除repeat序列。利用软件预测新的sRNA。

碱基编辑及家族分析

miRNA可能发生部分位置碱基的编辑,导致种子序列改变,进而使得作用靶基因发生改变。通过各样本sRNA与检测到的已知、新miRNA成熟体及其前体进行序列间的比对,找出可能发生碱基突变编辑的miRNA。对已知miRNA和新miRNA进行家族分析,探索其所属的miRNA家族在其他物种中的存在情况。

表达水平分析

对各样本中已知和新miRNA进行表达量的统计,并对样本间表达量相关性进行分析。利用DESeq或DEGseq对差异表达基因进行筛选。

差异表达sRNA的靶基因功能分析

得到差异表达sRNA,预测其靶向的mRNA,并对mRNA进行GO、KEGG富集分析,
有助于研究sRNA的调控机制,构建mRNA与sRNA调控网络。