small RNA测序

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经典案例

Small RNA测序研究儿童中牛奶过敏机制

Altered miR-193a-5p expression in children with cow's milk allergy

期刊:Allergy
影响因子:7.36
发表单位:CEINGE-Biotecnologie Avanzate s.c.ar.l. Naples, Italy
发表时间:2017年8月

一、研究背景

牛奶过敏(CMA)是儿童最常见的食物过敏症之一。目前研究发现,除了DNA甲基化可以参与CMA发病机制,miRNAs也参与了牛奶过敏的调控机制。miRNAs是一类内源性的小RNA,可 以通过降解mRNA或者抑制翻译过程来抑制靶基因的表达。在CMA的研究中miRNA发挥的作用在很大程度上还是未知的。本研究利用高通量测序手段研究了CMA中起关键调节作用的 miRNA及其靶基因,为CMA发病诊断和治疗策略提供了新思路。

二、方法流程

取材

4-18个月的儿童中获得外周血单 个核细胞:10例CMA患者,9例 超过CMA的CMA患者和11例健康 对照者。

建库

提取Total RNA,
构建small RNA文库

测序

利用Illumina进行测序
测序策略:SE50

分析

筛选出可能调节CMA的候选miRNA miRNA-193a-5p表达水平及其功 能研究

三、研究结果

1.筛选出可能调节CMA的候选miRNA

患病组与健康的对照组相比,差异表达的miRNA中有2个发生了上调,14个发生了下调。与健康对照相比,在诱导儿童CMA产生中miR-193a-5p是发生下调最明显的miRNA。通过预测分析确定了4个miR-193a-5p所作用的靶基因,分别为RPL35A,TP73,ZC3H7B和C/EBPα。其中靶基因C/EBPα在CMA患者中发生了最显著的上调。

2.miRNA-193a-5p表达水平及其功能研究

为了研究miR-193a-5p是否可以参与调节CMA中的Th2应答,我们评估了这种特定的miRNA抑制来自健康供体的CD4 + T细胞对IL-4产生的影响。用miR193a-5抑制剂转染的外周血CD4+T细胞显示IL-4 mRNA及其蛋白表达的显着上调。

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四、研究结论

本研究结果表明,miR-193a-5p是IL-4表达的转录后调节因子,可能在IgE介导的CMA中起作用。这个miRNA可能成为儿童时期食物过敏常见形式的一种新的诊断和治疗靶点。

参考文献

D'Argenio V, Del M V, Paparo L, et al. Altered miR-193a-5p expression in children with cow's milk allergy[J]. Allergy, 2017.

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