原核转录组测序

产品介绍常见问题经典案例结果展示


结果展示

差异基因整体分布情况分析

用火山图可以推断差异基因的整体分布情况,对于无生物学重复的实验,为消除生物学变异,从差异倍数和显著水平两个方面进行评估,对差异基因进行筛选,阈值设定一般为:|log2 Fold Change)|>1且q value<0.005。对于有生物学重复的实验,由于DESeq已经进行了生物学变异的消除,我们对差异基因筛选的标准一般为:padj<0.05。

操纵子预测及基因结构分析

原核生物功能上相关的几个基因往往串联排列在一起,
构成操纵子(Operon)结构作为基因的表达单元,受上游共同的调控区和下游转录终止信号的调控。
转录时,几个基因转录在一条mRNA链上,再分别翻译成各自不同的蛋白质。

原核sRNA结构分析

细菌中,长度在 50~500 nt 的非编码RNA通常定义为小RNA(Small RNA, sRNA)。鉴定出新的基因间区转录本,通过比对,将注释不上的转录本作为候选的非编码sRNA。

差异基因功能富集分析

有向无环图(Directed Acyclic Graph, DAG)为差异基因GO富集分析结果的图形化展示方式。右图中,分支代表包含关系,从上至下所定义的功能范围越来越小,颜色的深浅代表富集程度。

差异基因功能富集

差异基因GO富集柱状图,直观的反映出在生物过程(biological process)、细胞组分(cellular component)
和分子功能(molecular function)富集的GO term上差异基因的个数分布情况。

差异基因功能富集分析

散点图是KEGG富集分析结果的图形化展示方式。在下图中,
KEGG富集程度通过Rich factor、Qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。