微生物重测序

产品介绍常见问题经典案例结果展示


结果展示

测序及比对质控

基因组覆盖的均匀性,也是组装质量的重要指标,测序覆盖越均匀,每个单碱基的重复次数越好,最终结果的准确性也就越高。对测序质量和比对结果进行质控,保证前期结果的准确性。

变异检测

变异检测,包含了SNP,InDel及SV等,主要是在全基因组水平上检测和分析这些变异,
通过图片形式,可视化展示菌株中的变异信息。

系统进化分析

构建菌株进化树,在全基因组水平上评估物种间进化关系;探讨整体进化地位和物种起源问题,解析菌株之间的进化历史。

分歧时间估计

根据菌株间的变异速率信息和年代做线性回归,可预估菌株分支之间的分歧时间,推测菌株分化的历史规律。

地理传播规律

基于菌株间的进化分析结果,结合其采集的地理信息情况,构建菌株间的地理传播,分析其传播规律。

选择压力分析

Ka/Ks是一个重要的指标,可以显示个别基因在菌株间所受到的选择压力。通过Ka/Ks值进行筛选,可以得到菌株间正选择和负选择的候选基因集合。

变异基因富集

通过统计分析计算变异基因在不同功能分类的富集情况,
可以找到富集的差异基因,寻找不同样品的差异基因可能与哪些基因功能的改变相关,
通常在菌株间存在较大的适应性变化。