宏转录组测序

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经典案例

宏转录组测序揭示红色中缢虫与隐藻共生新机制

Cryptophyte farming by symbiotic ciliate host detected in situ

期刊:PNAS
影响因子:9.661
发表单位:中国科学院、康涅狄格大学
发表时间:2016年9月

一、研究背景

本研究利用受试者自己收集的人体多部位样品,结合表型分类学、宏基因组学和宏转录组(metatranscriptional)谱,进行了第一个人类微生物组的研究。结果详细描述了肠道菌群基 因组潜能和基因表达之间的关系,论证了在受试者收集和运输的样品中开展宏转录组研究的可行性。

二、方法流程

取材

2个赤潮时的海水样本

建库

10μgRNA去rRNA,DNase消 化,构建链特异性cDNA文库

测序

Illumina HiSeq 2000

分析

1. 物种鉴定
2. 基因表达
3. 功能分析

三、研究结果

1. 宏转录组测序揭示引起赤潮物种

通过对发生赤潮的海水进行宏转录组测序,发现红色中 缢虫爆发是引起赤潮的原因。

2. 显微观察揭示红色中缢虫与隐藻共生新机制

显微观察揭示隐藻以完整细胞形式在红色中缢虫体内进 行内共生。

3. 共生隐藻的代谢通路分析

对共生隐藻的光合作用、物质输送、细胞增殖等生物过程进行 研究,探明了共生隐藻的代谢通路,提出了“红色中缢虫培育 隐藻”的共生新模式:宿主帮助共生体从环境中吸收营养物 质,同时也从共生体的光合产物中获益。

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四、研究结论

本文通过宏转录组测序等方法揭示了红色中缢虫与隐藻共生细胞增殖机制的独特性,报道了两者共生的新机制,为研究宿主和共生体协同进化提供了新的思路。

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