医学转录组测序

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经典案例

转录组测序揭示人参皂苷Rg1 和 Rb1处理后SAMP8小鼠转录本变化情况

Analyses of mRNA Profiling through RNA Sequencing on a SAMP8 Mouse
Model in Response to Ginsenoside Rg1 and Rb1 Treatment

期刊:Frontiers in Pharmacology
影响因子:4.400
发表单位:北京师范大学
发表时间:2017年8月

一、研究背景

人参皂苷Rg1(GRg1) 和 Rb1(GRb1)广泛用于健忘症和阿尔茨海默的治疗。本研究通过Morris水迷宫测试证实了两者对于缓解SAMP8小鼠记忆缺陷的有效性,并通过转录组测序 研究了其分子机理。

二、方法流程

取材

分别取GRg1 (15 mg/kg/d)、 GRb1 (15 mg/kg/d)和蒸馏水处 理4个月的SAMP8小鼠的大脑皮 层,每组3重复。

建库

3μgRNA去rRNA,构建链特 异性cDNA文库。

测序

Illumina HiSeq 4000

分析

1、Morris水迷宫测试
2、差异表达基因鉴定
3、功能分析

三、研究结果

1.GRg1与GRb1能有效缓解SAMP8小鼠记忆缺陷症状

Morris水迷宫测试结果表明,相比正常小鼠,SAMP8小 鼠存在明显的记忆缺陷,GRg1与GRb1处理能有效缓解 该症状。

2.差异表达基因鉴定

通过转录组测序探究GRg1与GRb1处理后转录本的变化情 况。结果显示,共检测到74,885条转录本;其中GRg1处 理后差异表达的转录本共1780条,GRb1处理后差异表达 的转录本共1066条。

3.差异基因的功能分析

对差异转录本进行GO和KEGG分析发现,GRg1和GRb1 通过促进神经系统发育和调节丝裂原活化蛋白激酶信号 通路等多种途径来缓解SAMP8小鼠的认知障碍。

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四、研究结论

本文通过转录组测序,研究了人参皂苷Rg1(GRg1) 和 Rb1(GRb1)处理后SAMP8小鼠的基因表达变化情况。结果显示GRg1和GRb1通过多种途径来发挥作用,对其临床应用具有 重要的指导意义。

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