lncRNA测序

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结果展示

lncRNA筛选

诺禾致源通过6步的筛选获得lncRNA集进行后续分析。将各软件所识别出的noncoding转录本进行统计,画成维恩图,直观的展示各个方法预测出的noncoding转录本共有和特有的数目。取几种工具预测结果的交集,作为本次分析预测得到的lncRNA数据集进行后续的分析。经过各步筛选后,对最终得到的不同种类的lncRNA占比情况进行饼图展示(我们主要针对lincRNA、anti-sense_lncRNA、intronic_lncRNA三种类型的lncRNA进行统计)。

转录本特征分析

将lncRNA与mRNA进行结构以及序列保守性(保守性分析针对部分物种)的比较分析,观察lncRNA与mRNA的转录本长度、exon个数、ORF长度的以及序列保守性的对比情况,一方面得到lncRNA与mRNA分子上的差别,一方面验证预测得到的lncRNA分子是否符合一般特征。

差异表达分析

通过差异分析,我们能够得到在不同处理或不同表型的样品之间表达显著差异的转录本,这些转录本对应的基因或者靶向的基因可能在不同处理或者不同表型中发挥功能。

功能富集分析

得到差异表达的lncRNA和mRNA之后。
针对lncRNA,我们根据差异表达lncRNA的co-location与co-expression(样本数≥5)靶基因信息,
对lncRNA靶基因进行GO和KEGG富集分析和蛋白网络互作分析;
针对mRNA,我们将差异表达的mRNA对应基因进行富集分析和蛋白网络互作分析。