lncRNA测序

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经典案例

在SAMP8模型中系统研究AD中LncRNA的作用

Systematic Analysis of Long Noncoding RNAs in the Senescence-accelerated
Mouse Prone 8 Brain Using RNA Sequencing

期刊:Molecular Therapy
影响因子:6.3
发表单位:北京师范大学
发表年份:2016年8月

一、研究背景

阿尔兹海默症(AD)是老年人中常见的痴呆症,属于一种进行性神经退行疾病。关于AD发病机制的研究很多,但是关于lncRNA在AD形成中的作用研究较少。本研究选用2种小鼠模型 SAMP8和SAMR1,对LncRNA在AD脑组织中的作用进行研究。

二、方法流程

取材

SAMP8是一种阿尔兹海默症的动物 模型,SAMR1是对照组。选择3月龄 的SAMP1和SAMP8雄性小鼠(各15 只)为实验材料。随机选取3只,取 大脑皮层进行lncRNA测序研究。

建库

Total RNA,去rRNA构建链特 异性文库

测序

利用Illumina HiSeq 进行双端测序

分析

鉴定SAMP8和SAMR1小鼠大脑中 的lncRNA
SAMP8和SAMR1差异表达分析
GO和KEGG进行功能富集
lncRNA与AD相关性研究

三、研究结果

1.鉴定SAMP8和SAMR1小鼠大脑中的 lncRNA

通过筛选共获得了23,334个lncRNAs,其 中包括了8422个已经注释的LncRNA以及 19,423个预测的LncRNA。此外,还鉴定 出了76,787个蛋白编码转录本。对筛选出 来的lncRNA和蛋白质编码基因转录物进 行进一步分析。

2. SAMP8和SAMR1差异表达分析

在SAMP8样本中共有211个lncRNA转录 本发生差异表达(其中97个发生上调、 114个发生下调)。差异表达的mRNA共 2505个,其中1486个差异上调,1019个 差异下调,并对差异表达的lncRNA和差 异表达的mRNA进行聚类分析。

3.GO和KEGG进行功能富集

Cis作用共确定了与165个差异表达的lncRNA相关的共678个靶基因;通过GO富集,排名前5的为 与细胞器相关的通路,同时还发现与AD相关的通路。此外,共有11个显著富集的KEGG代谢通 路,其中有与AD形成有关的通路。trans作用共确定了367个靶基因,共58条GO通路被显著富 集,其中一些通路与AD有关。KEGG通路共富集到17条,同样也发现了与AD相关的代谢通路。 对差异表达的2505个mRNA进行GO和KEGG富集。其中也存在于AD相关的通路,如下面4条通 路:氧化磷酸化、AD、抗原生成与表达、过氧化物酶体增殖物激活受体等。

4. lncRNA与AD相关性研究

选择在样本SAMP8和SAMR1之间差异表达的LncRNA与其靶基因。这些lncRNA和靶基因均与AD有关,最终得到的lncRNA信息。


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四、研究结论

本文通过RNA测序,找到与AD相关的LncRNA。发现这些lncRNA和靶基因均与AD有关,为AD的研究提供新思路。

参考文献

Zhang S, Qin C, Cao G, et al. Systematic Analysis of Long Noncoding RNAs in the Senescence-accelerated Mouse Prone 8 Brain Using RNA Sequencing:[J]. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2016, 5(8):e343.

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