真菌de novo 测序

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结果展示

基因组Survey

真菌精细图正式测序组装之前,需要进行一个Survey 步骤,以获得基因组大小、复杂程度的基本信息。

数据质控

1. 组装前质控

三代测序最基本的优势特征,是其独特的测序读长,因此足够长的测序读长,是保证三代测序组装质量的基础。平均10 Kb以上的测序读长,可以解决绝大部分重复序列,保证了真菌基因组精细图的质量。

2、组装后质控

基因组覆盖的均匀性,也是组装质量的重要指标,测序覆盖越均匀,每个单碱基的重复次数越好,最终结果的准确性也就越高。以三代测序为例,全基因组范围测序数据覆盖是较为均匀的(见下图)。

基因组结构注释

真菌基因结构较为复杂,为保证最终注释结果的准确性,我们结合了三种不同的软件方法进行基因预测,并对结果进行整合,以获得尽可能可靠的基因结构信息。

基因功能注释

通过一系列基本功能数据库的注释,
可以获得编码基因在不同数据库中的同源信息,以解释编码基因在真菌生理中的功能。
以GO为例,可以在将基因的功能归属到丰富的功能分类中去。

基因家族构建

基于多个样品间基因序列间的相似度,使用MCL算法进行聚类,可以获得样品间的同源基因家族信息。

基因组进化分析

基于多个基因组间的基因家族单拷贝基因信息,可以构建菌株间的系统进化树,用于解析菌株之间的进化关系。