真核无参转录组测序

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结果展示

数据质控

测序得到的原始测序序列(Sequenced Reads)或者raw reads,里面含有带接头的、低质量的reads,为了保证信息分析质量,必须对raw reads过滤,得到clean reads,后续分析都基于clean reads。在测序过程中会存在一定的错误率,测序错误率分布检查可以反映测序数据的质量。

转录本长度分布统计

用主流拼接软件将测序序列拼接成转录本,取每条基因中最长的转录本作为unigene,以此作为参考序列用于后续分析。对拼接后的转录本长度进行统计,可据此评判拼接效果。

基因表达水平分析

以unigene为参考序列,将每个样品的clean reads与参考序列进行比对。进一步得到每个样品比对到每个基因上的readcount值,并对其进行FPKM转换以衡量基因的表达水平。

差异基因筛选

火山图可以直观展现q value与log2(fold change)的关系。当样品无生物学重复时,差异基因数目会偏多,为了控制假阳性率,需q value结合fold change来筛选。

差异基因表达水平聚类分析

差异基因聚类分析用于判断不同实验条件下基因的表达模式。每个比较组合都会得到一个差异基因集,将所有比较组合的差异基因集的并集在每个实验组/样品中的FPKM值,用于聚类分析。