基因组测序开启物种真正探索之路

基因组从头测序(De novo sequencing)
在不依赖参考基因组的情况下对某物种进行基因组测序及拼接组装,
从而绘制该物种的全基因组序列图谱。基因组测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱,
同时也为后续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础。
根据基因组的复杂程度,基因组可分为简单基因组和复杂基因组。

简单基因组 复杂基因组
重复序列比例 <50% >50%
杂合率 <0.5% >0.5%

科学方案设计

从材料选取,建库测序,到数据分析,
每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

简单基因组de novo 测序 复杂基因组de novo 测序

纯二代

基于顶尖组装水平,简单或复杂基因组高质量组装

文库类型

小片段文库:250 bp/450 bp
大片段文库:2 Kb/5 Kb/10 Kb

小片段文库:250 bp/350 bp/450 bp
大片段文库库:2 Kb/5 Kb/10 Kb/20 Kb

样本要求

DNA总量>400ug

DNA总量>400ug

测序策略与深度

HiSeq PE150 100×

HiSeq PE150 200×

承诺指标

哺乳动物和鸟类基因组:contig N50≥40 Kb
scaffold N50≥4 Mb
其它物种基因组:contig N50≥30 Kb
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥20 Kb
scaffold N50≥500 Kb

二+三混合拼接

针对具体物种升级组装策略,加入三代数据,有效提升组装指标

组装策略

三代参与补洞

测序策略与深度

二代(100×)+三代(10×)

二代(200×)+三代(10×)

承诺指标

哺乳动物和鸟类基因组:contig N50≥80 Kb
scaffold N50≥4 Mb
其它物种基因组:contig N50≥60 Kb
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥40 Kb
scaffold N50≥500 Kb

组装策略(推荐)

二代、三代混合拼接

测序策略与深度

二代小片段(100×)+三代(40×)+10X Genomics

承诺指标

contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥200 Kb
scaffold N50≥1 Mb

全三代拼接

全三代结合新技术,组装水平达到新高度

测序策略与深度

三代(60×)+10x Genomics/BioNano/ChiCago

三代(80×)+10X Genomics/BioNano/ChiCago

承诺指标

contig N50≥1 Mb
scaffold N50≥3 Mb

contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb

信息分析

基因组序列是研究物种分子生物学的基础,通过全基因组de novo测序,
可得到物种全基因组序列图谱,通过比较基因组学分析可对物种进行基
因家族分析,系统进化分析,正选择分析和共线性分析。

De novo 测序 分析内容
组装 组装策略
组装结果评估
注释 重复序列注释
基因结构注释
基因功能注释
非编码RNA注释
生物学分析 比较基因组学分析 基因家族分析
系统进化分析
正选择分析
共线性分析
个性化分析 针对物种自身特点
制定分析方案
有参考基因组de novo 测序 特有基因检测
变异检测

因为专业,所以卓著。

从基因组组装软件SOAPdenovo、SOAPdenovoⅡ到NOVOheter,
从比对软件SOAP、SOAP2到SOAP3,从二代组装、二加三混合拼
接到全三代组装,针对不同的基因组特征,采取不同的策略,致力于得到最优的组装结果。
因为专注,所以专业,诺禾致源始终引领着基因组学的发展。

悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

基因组De novo 测序采用先进的HiSeq 4000测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目环节,助力科学研究。

诺禾致源的基因组合作项目遍布全球各地,引领基因组研究潮流。
截至2015年12月,发表高水平基因组文章5篇,其中2篇为封面文章。研究涉及鸟类、
哺乳动物、水产生物、珍稀动物、昆虫、栽培作物、水果植物、药用植物、藻类、林木类、灌木类等诸多物种。
“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,
确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。