基因组从头测序(De novo sequencing)
在不依赖参考基因组的情况下对某物种进行基因组测序及拼接组装,
从而绘制该物种的全基因组序列图谱。基因组测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱,
同时也为后续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础。
根据基因组的复杂程度,基因组可分为简单基因组和复杂基因组。
简单基因组 | 复杂基因组 | |
重复序列比例 | <50% | >50% |
杂合率 | <0.5% | >0.5% |
从材料选取,建库测序,到数据分析,
每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。
纯三代 |
基于顶尖组装水平,简单或复杂基因组高质量组装 |
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简单基因组De novo 测序 | 复杂基因组De novo 测序 | |
样本要求 |
DNA总量>10 ug |
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文库类型 |
PacBio:10~40 Kb大片段文库、60~70 Kb大片段文库; |
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测序策略与深度 |
三代(80×)+10× |
三代(100×)+10× |
承诺指标 |
Contig N50≥2 Mb, |
Contig N50≥20 Kb, |
10X Genomics De novo |
基于顶尖组装水平,简单基因组高质量组装 |
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样本要求 |
DNA总量>2.5 ug |
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文库类型 |
10× Genomics文库 |
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测序策略与深度 |
基因组<1.2 Gb, 120 Gb;基因组≥1.2 Gb,100× |
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承诺指标 |
Contig N50≥30Kb,Scaffold N50≥1Mb |
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超长文库 De novo |
基于顶尖组装水平,组装超完美基因组组 |
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样本要求 |
DNA总量>10 ug |
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测序策略 |
30× Ultra-long reads 文库 + 50~100× ONT 普通文库 + 100× BioNano |
基因组序列是研究物种分子生物学的基础,通过全基因组De novo测序,
可得到物种全基因组序列图谱,通过比较基因组学分析可对物种进行基
因家族分析,系统进化分析,正选择分析和共线性分析。
De novo 测序 | 分析内容 | |
组装 | 组装策略 组装结果评估 |
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注释 | 重复序列注释 基因结构注释 基因功能注释 非编码RNA注释 |
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生物学分析 | 比较基因组学分析 | 基因家族分析 系统进化分析 正选择分析 共线性分析 |
个性化分析 | 针对物种自身特点 制定分析方案 |
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有参考基因组De novo 测序 | 特有基因检测 | |
变异检测 |
采用Falcon、Canu、wtdbg2 等基因组组装软件及 Racon、Quiver 、Pilon 等纠错软件,从纯三代、10X Genomics到结合新技术混合拼接,
针对不同的基因组特征,采取不同的策略,致力于得到最优的组装结果。
因为专注,所以专业,诺禾致源始终引领着基因组学的发展。
基因组De novo 测序采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
以保证高效的数据处理和安全的数据存储。
诺禾致源的基因组合作项目遍布全球各地,引领基因组研究潮流。
截止2019年7月,发表高水平基因组文章34篇(IF>10)。研究涉及鸟类、
哺乳动物、水产生物、珍稀动物、昆虫、栽培作物、水果植物、药用植物、藻类、林木类、灌木类等诸多物种。
“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,
确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。