比较转录组与泛转录组测序

产品介绍常见问题经典案例结果展示


比较转录组与泛转录组测序

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结果展示

转录本拼接

对于无参考基因组的物种,获得clean reads后,需要对clean reads进行拼接以获取后续分析的参考序列。诺禾致源采用主流软件Trinity对clean reads进行拼接,拼接得到转录本序列,取每条基因转录出的最长转录本作为unigene,作为后续分析的参考序列。

基因表达水平

将每个样本的测序reads与参考序列(拼接得到的转录本)进行比对,
得到了每个样品比对到每个基因上的readcount数目,
并对其进行FPKM转换,进而分析基因的表达水平。

进化树构建

OrthoMCL对全长的CDS序列进行了直系同源基因搜索分析,并筛选出一对一的直系同源基因进行序列比对,构建系统进化树,将系统进化树结果导入MEGA可查看系统进化树构建结果。

直系同源基因Ka/Ks分析

判断直系同源基因哪些属于同义替换,哪些属于非同义替换,计算Ka/Ks。在遗传学中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义替换率(Ka)和同义替换率(Ks)之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。如果Ka/Ks>1,则认为有正选择效应;如果Ka/Ks=1,则认为存在中性选择;如果Ka/Ks<1,则认为有纯化选择作用。

GO、KEGG富集分析

对获得的直系同源基因进行GO和KEGG富集分析,进一步明确各基因的功能
和通路信息,能更加明确进化过程中哪些功能基因受到选择。