circRNA测序

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结果展示

circRNA的鉴定

使用主流软件通过位点识别鉴定circRNA转录本,并分析circRNA来源于exon或intron的剪接。如果样品的物种存在于 circBase 中,则将所有鉴定的 circRNA 与已知 circRNA 比较,统计测序结果中已知 circRNA 的数量及比例。

circRNA表达水平分析

对各样本中已知circRNA和新circRNA进行表达量的统计,用TPM进行表达量归一化处理。可通过TPM密度分布能整体检查样品的基因表达模式。通过整体的基因表达模式能够初步推断样本之间的相似性。

circRNA差异表达分析

根据各样本中circRNA的read count值对样本间的差异表达circRNA进行分析,根据有无生物学重复可选用DESeq或DEGseq软件。差异circRNA更能反映生物学表型形成原因。

来源基因功能分析

生物体内,在特定条件下有的基因对应的转录本会形成环状RNA,
从而不能翻译为蛋白质,从而影响生物学表型。因此,针对circRNA的来源基因
分别进行GO和KEGG富集分析,有助于对circRNA功能深入挖掘。