BSA性状定位

产品介绍常见问题经典案例结果展示


结果展示

与参考基因组比对

比对率、覆盖深度、覆盖度分析

样本比对率,指比对到参考基因组上的reads数目除以有效测序数据的reads数据,反映了样本测序数据与参考基因组的相似性。覆盖深度,指比对到参考基因组的碱基总数除以基因组大小;覆盖度,指被测到的该物种基因组的碱基总数占该物种基因组长度的百分比;覆盖深度和覆盖度能够直接反应测序数据的均一性及与参考序列的同源性。

SNP和InDel检测及注释

开发SNP和InDel标记

SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,
包括单个碱基的转换、颠换等。InDel是指基因组中小片段的插入和缺失。
我们采用GATK软件进行样本SNP和InDel的检测,利用ANNOVAR软件对SNP和InDel检测结果进行注释。

SNP检测及注释结果统计

Category Number of SNPs
Upstream 203,062
Exonic Stop gain 2,142
Stop loss 564
Synonymous 247,194
Non-synonymous 167,809
Intronic 321,306
Splicing 1,471
Downstream 189,867
upstream/downstream 51,199
Intergenic 986,703
ts 1,256,052
tv 915,265
ts/tv 1.372
Total 2,171,317

InDel检测及注释结果统计

Category Number of Indels
Upstream 51,341
Exonic Stop gain 105
Stop loss 36
Frameshift deletion 2,240
Frameshift insertion 1,926
Non-frameshift deletion 3,394
Non-frameshift insertion 3,250
Intergenic 47,779
Splicing 174
Downstream 38,676
upstream/downstream 8,584
Intergenic 299,574
Insertion 216,190
Deletion 240,923
Total 457,113

子代SNP和InDel频率差异分析

寻找有显著差异的SNP和InDel位点

1. 子代SNP、InDel频率计算

基于亲本检测结果,筛选出两个亲本间差异且纯合的SNP、InDel位点,作为多态性标记。以某一亲本为参考,分别计算两个子代池在标记位点的SNP-index、InDel-index。完全与参考基因组相同的SNP-index、InDel-index值为0;完全与参考基因组不同的SNP-index、InDel-index值为1。

2. 子代SNP、InDel频率差异计算

分别计算两个子代池△(SNP-index )、△ ( InDel-index ) 及合并后的△( All-index ),
△ ( SNP-index )=SNP-index(极端性状B)
—SNP-index(极端性状A)
△ ( InDel-index )=InDel-index(极端性状B )
—InDel-index(极端性状A)
△ ( All-index )=All-index(极端性状B )
—All-index ( 极端性状A )

3. 子代SNP、InDel频率差异分布

采用滑动窗口法,分别统计每个窗口中各标记位点的△(SNP-index)、△(InDel-index)及△(All-index)。以△(All-index)为例,进行1,000次置换检验,选取95%(蓝色)置信水平作为筛选的阈值。图中的黑色折线即为以窗口形式展现的△(All-index)分布,置信水平以上的窗口作为候选区间。

目标性状区域定位

找到与目标性状关联的区域

选择95%置信水平下,大于阈值的窗口作为候选区间。为了不忽略掉微效QTL的影响,
在全基因组范围内挑选候选SNP和InDel,如果参考亲本和子代表型相同,则挑选子代池中All-index接近0的位点;
如果参考亲本和子代表型相反,则挑选子代池中All-index接近1的位点作为候选位点。

候选SNP标记位点注释情况

Category Number of SNPs
Upstream 28
Exonic Stop gain 1
Stop loss 0
Synonymous 2
Non-synonymous 4
Intergenic 27
Splicing 0
Downstream 22
upstream/downstream 2
Intergenc 160
ts 192
tv 131
ts/tv 1.465
Total 323

候选InDel标记位点注释情况

Category Number of Indels
Upstream 5
Exonic Stop gain 0
Stop loss 0
Intronic 4
Splicing 0
Downstream 9
upstream/downstream 0
Intergenic 59
Insertion 278
Deletion 46
Total 324

候选基因提取和功能注释

获得候选基因及基因功能

对于候选的多态性标记位点,提取ANNOVAR的注释结果,
优先挑选引起stop loss或stop gain或非同义突变或可变剪接或移码突变的位点
所在的基因作为候选基因。