WGS全基因组脱靶检测

产品介绍常见问题经典案例


WGS全基因组脱靶检测

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经典案例

对使用CRISPR/Cas9基因编辑的小鼠进行全基因组脱靶检测

Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo

期刊:Nature methods
影响因子:25.328
发表单位:斯坦福大学
发表年份:2017年6月

一、研究背景

CRISPR/Cas9已经非常广泛的应用到基因编辑领域,使基因发生缺失、定点突变等,然而在编辑过程中,不可避免的会发生脱靶情况,本文作者利用全基因组测序方法检测脱靶情况。

二、方法流程

取样

CRISPR/Cas9修复小鼠视网膜基因突变型小鼠
视网膜基因突变型小鼠

建库

• 小鼠脾脏DNA
• 构建PCR-free文库

测序

• Illumina HiSeq 2500
• Case 50X
  nControl 30X

分析

• Strelka,
lofreq,Mutect共有的突变类型;
• SNV、InDel检测;
• 脱靶位点富集分布。

三、研究结果

1、突变类型统计结果
F03和F05小鼠发生SNV和InDel数目,共有的数目分别是1397和117,没有一个位点可以与参考基因组比对上,可以确定为均是脱靶位点。

2、突变基因富集分析
将发生SNVs、InDels的基因进行富集分析,发现大部分富集在蛋白编码区、非编码RNA区域,这些突变是有害性突变,很有可能致死,没有发生表型变化,很有可能是因为不是纯合子,表型不明显。

四、研究结论

全基因组脱靶检测突变位点和潜在脱靶位点,为研究基因编辑产生的突变检测提供了新的思路和方法。

五、参考文献

Schaefer K A, Wu W H, Colgan D F, et al. Unexpected mutations after CRISPR-Cas9 editing in vivo[J]. Nature methods, 2017, 14(6): 547-548.