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经典案例

(一)肺肉瘤样癌的二代测序鉴定高频MET 基因突变

Next-Generation Sequencing of Pulmonary Sarcomatoid
Carcinoma Reveals High Frequency of Actionable MET Gene Mutations

期刊:Journal of Clinical Oncology
影响因子:24.007
发表单位:堪萨斯州立大学,加州大学,USDA-ARS谷物疾病实验室,霍华德休斯医学研究所
发表年份:2015年

一、研究背景

肺肉瘤样癌(PSC)是非小细胞肺癌的一种亚型,具有高度侵袭性和分化差的特点,本研究旨在进一步了解PSC的分子发病机制,开发新型治疗策略。

二、技术路线

三、研究结果

1.通过WES和多重PCR验证,明确了PSC的突变频谱,包括9个已知的癌基因和抑癌基因(TP53, PIK3CA,MET, KRAS, STK11, SMARCA4, RB1, NOTCH1, and MLL2),以及6个新 的回复突变基因(RASA1, CDH4, CDH7, LAMB4, SCAF1, and LMTK2)。

2.没有发现EGFR 突变的样本,在TP53 突变阴性的样本中,有一个样本发生了预测有害的RB1、LMTK2、ZNF536、MAPT、PRPF31 等突变,其中RB1 是已知与癌症相关的基因。

四、研究结论

MET 导致14号外显子跳跃的突变事件在PSC中是频繁且具有潜在靶向性的突变事件。

(二)线粒体DNA捕获

Massively parallel sequencing of the entire control region and targeted coding region
SNPs of degraded mtDNA using a simplified library preparation method

期刊:Forensic Science International: Genetics
影响因子:4.9879
发表单位:延世大学医学院、韩国国家法律服务中心
发表年份:2016年

一、研究背景

线粒体DNA(mtDNA)是一个有用的法医标本,这是基于它的一些特点,例如变异会随着时间积累、重组的缺失、母体遗传、拷贝数多等,其可在高度分解的状态下仍然被分析。人类 的mtDNA长度为16,569 bp ,非编码的控制区具有高度变异序列,编码区的SNP检测可以为控制区的缺失做补充,尽管Sanger测序可以完成检测,但是基于其价格昂贵、耗时长、费 力等弊端,NGS是一个更好的选择。

二、技术路线

三、研究结果

(1)获得扩增子336个、平均测序深度5200X;获得0.4 GB数据量。 (2)NGS获得的10个样本的变异信息与Sanger的检测结果一致。 (3)多重PCR能够获得相对短的序列片段(<250 bp)。

四、研究结论

应用多重PCR技术进行目标区域捕获,有助于分析受损严重的法医样本。

(三)开发人参育种分子标记

Development of interspecies hybrids to increase ginseng biomass and ginsenoside yield

期刊:Plant Cell Reports
影响因子:2.8689
发表单位:庆熙大学,上海交通大学,阿德莱德大学
发表年份:2016年

一、研究背景

人参是最重要的草药之一,具有重要的药用功效,然而,人参是生长缓慢的多年生草本植物,因此人参工业在很大程度上受到其生物学特性的阻碍。

二、技术路线

三、研究结果

(1)与亲本相比,子代有更长的根长以及更重的鲜重,根系产量明显提高,然而缺点在于子代杂交人参显示出完全雄性不育,无自交授粉。 (2)对8种主要的人参皂苷成分进行HPLC分析,对比子代与亲本中的人参皂苷总含量和成分差异。结果表明,子代中人参皂苷的总含量显著高于亲本。 (3) 代谢物覆盖了9个超代谢途径及其下面的45个子途径。聚类分析显示出子代和亲本间存在相当大的变化,特别是子代人参中的代谢物和次生代谢物的水平显著高于亲本植物。 (4)在筛选得到的SNP中选择显示母体来源的SNP,发现3个mtDNA SNP标记:ccb452、cox2/2-3、nad2/4-5,它们可以用于有效区分亲本和F1杂交子代。

四、研究结论

成功开发了区分F1杂交体的分子标记检测系统,对人参产量的提高有重要意义。