全长转录组

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结果展示

全长转录本分析

全长转录本是包括从5’端到3’-Poly Atail的,包含mRNA全长序列以及完整结构信息的完整转录本。
CCS 序列是指测序次数达到两次以上,
并且校正之后精确度满足一固定值以上的插入片段;
FLNC序列指分子两端接头,3’端poly Atail均完整测出的全长非嵌合序列。

表 CCS数据量统计表

可变剪切分析

可变剪切(Alternative Splicing, AS),是大多数真核生物细胞中普遍的一种基因表达方式。
真核细胞的基因序列包含内含子(intron)与外显子(exon),
在基因转录成mRNA前体后内含子会被RNA剪切体移除,而外显子则保留于成熟mRNA中。一条未经剪切的RNA,可以具有多种外显子剪切形式,
因此使得一个基因在不同时间、不同环境中可以翻译出不同的蛋白质,
进而增加其生理状况下系统的复杂性或适应性。

可变剪切展示图

融合基因分析

融合基因是指两个或两个以上基因的部分或全部的序列构成的一个新的杂合基因,
可以由易位、间质删除或染色体倒置引起,融合基因的表达在生长发育发生中起到重要作用。

融合基因展示图

数据库注释

为获得全面的基因功能信息,诺禾进行了七大数据库的基因功能注释,包括:Nr, Nt, Pfam, KOG/COG, Swiss-prot, KEGG, GO。
其中NR是一个非冗余的蛋白质数据库,其特点在于内容比较全面,同时注释结果中会包含有物种信息,可作物种分类用。
GO是一套国际标准化的基因功能描述的分类系统。COG, 根据细菌、藻类和真核生物完整基因组的编码蛋白系统进化关系分类构建而成。
KEGG是系统分析基因产物和化合物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物的功能的数据库。

基因功能注释统计图