KASP高通量分子标记分型系统

产品介绍常见问题经典案例结果展示


KASP高通量分子标记分型系统

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经典案例

小麦抗Ug99秆锈病基因Sr35 的鉴定

Identification of Wheat Gene Sr35 that Confers Resistance to Ug99 Stem Rust Race Group

期刊:Science
影响因子:34.661
发表单位:堪萨斯州立大学,加州大学,USDA-ARS谷物疾病实验室,霍华德休斯医学研究所
发表年份:2013年

一、研究背景

小麦杆锈病是一种破坏性的疾病,导致过去小麦大规模的产量损失,2013年,Saintenac团队通过小麦抗杆锈病QTL进行精细定位,筛选得到4个候选基因。然后进一步通过测序得到这4个候选基因的序列信息,开发SNP分子标记。

二、方法流程

取材

已知含小麦抗杆锈病基因的QTL Sr35 ,长度约0.9cM,物理区间约1Mb。

建库

抗病品系的BAC文库

测序

筛选含小麦抗杆锈病基因QTL的
BAC克隆,对克隆进行BGS测序。

分型

利用KASP候选基因进行SNP分型

三、研究结果

1.在抗病品系的BAC文库中筛选出含小麦抗杆锈病基因QTL的BAC克隆,对含此QTL的3个BAC克隆进行NGS测序,长度约300kb;

2.发现其中213kb区域内存在4个基因(APGG1、CNL、CNL6、CNL9);

3. Sanger测序,检测4个候选基因型,开发候选基因上的多态性位点作为分子标记;

4. 利用KASP技术进行SNP分型,在易感群体中均发现CNL9 存在3个SNP导致编码氨基酸的序列改变。

四、研究结论

通过KASP技术对SNP标记进行验证,结果发现有3个SNP标记仅存在于易感群体中,成为小麦抗杆锈病QTL的可用分子标记。进一步研究发现,这3个SNP标记通过改变密码子从而改变了氨基酸类型,进而导致对杆锈菌产生易感作用。

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筛选大豆对线虫抗性的候选基因以及候选标记

Fine mapping and identification of candidate genes controlling the resistance to
southern root-knot nematode in PI 96354

期刊:Theoretical and applied genetics
影响因子:3.90
发表单位:University of Georgia,University of Zurich,Georgia Seed Development Commission
发表年份:2017年

一、研究背景

Meloidogyne incognita Chitwood (Mi)是美国南部大豆和其他作物的根结线虫最具经济损害的物种。大豆PI 96354被鉴定为具有高抗性。将发现的两个定量性状基因座(QTL)对PI96354中的抗性进行了检测,包括染色体10和染色体18上的主要QTL和次要QTL。为了精细定位10号染色体上的主要QTL,将F5:6个来自PI 96354和易感基因型Bossier之间的交叉的重组近交系用简单序列重复(SSR)标记进行基因分型。随后利用KASP技术对4个标记进行了鉴定验证工作。

二、方法流程

1.亲本1大豆为高抵抗性大豆,亲本2为高度易感大豆,及其F5,F6子代共188株大豆;

2.绘制图谱;

3. QTL精细定位,得到4个候选基因:Glyma10g02090,Glyma10g02100,Glyma10g02140,Glyma10g02160共4个候选标记;

4. 利用KASP对4个候选标记进行大样本量的验证。

三、研究结果

1.188株子代和两株分别具有高抗性和高度易感大豆绘制图谱;

2.通过QTL精细定位,确定了四个候选基因,这四个候选基因分别每个含有一个候选标记,共4个候选标记;

3. Sanger测序,检测4个候选基因型,开发候选基因上的多态性位点作为分子标记;

4. 通过KASP基因分型技术,在F5和F6的RILs与另外236株大豆中验证,最后得出这4个标记都是与大豆抗性相关的基因。

四、研究结论

通过KASP基因分型技术,将候选的4个标记在大样本量的大豆中进行验证,最后得出折四个标记都是与大豆抗性相关的基因。说明KASP基因分型技术可以对标记进行高通量的验证和鉴定。

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