HLA

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经典案例

Deep sequencing of the MHC region in the Chinese population

contributes to studies of complex disease

期刊:Nature Genetic
影响因子:31.62
发表单位:安徽医科大学
发表时间:2016年5月

一、研究背景

针对欧洲人疾病关联的HLA基因遗传多态性图谱已经被精细定位,而非欧人群的MHC参考序列还没有被确定,本文建立了针对中国汉族人的HLA区域遗传多态性数据库,并利用该数据库 作为对照研究银屑病的风险变异。

二、方法流程

第一阶段:建立中国汉族正常人的HLA基因多态性数据库

样本选择

10,689个中国汉族正常人

测序策略

MHC目标区域捕获测序,从HLA-A上游
到HLA-DQB1下游共5Mb区域,测序深
度55×,Hiseq 2000, PE90

变异检测

罕见变异MAF<0.5%,低频变异:MAF介
于0.5-5%之间,常见变异MAF≥5%,
HLA分型:参考IMGT/HLA数据库

第二阶段: 利用case-control关联分析发现新的银屑病风险因素

样本选择

10,689个中国汉族正常人,
9946个汉族银屑病患者

测序策略

MHC目标区域捕获测序,从HLA-A上游
到HLA-DQB1下游共5Mb区域,测序深
度55×,Hiseq 2000, PE90

研究方法

case-control关联分析

三、研究结果

绘制了中国汉族人HLA多态性图谱,其中HLA-B基因呈现的多态性最高。
发现了8个变异是中国汉族人银屑病的风险因素,其中5个是新发现的变异。

四、研究结论

通过对10,689个中国汉族正常人和9946个汉族银屑病患者HLA区域的测序,发现了之前芯片检测银屑病过程中无法发现的突变,建立中国汉族正常人的HLA基因多态性数据库,可作为 中国汉族人HLA区域基因的参考数据库。