CRISPR Screen

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经典案例

使用高通量测序筛选CRISPR/Cas9文库信息,对人细胞系基因组功能进行研究

High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells

期刊:Nature research
发表单位:北京大学生命科学学院
发表年份:2014年4月

一、研究背景

基因编辑对于研究生物学疾病是一个强有力的武器,作为单个基因的研究工具或方法,已经迅速的发展起来。然而,大规模的筛选基因表达情况,研究方法还处于初级发展阶段。本文通 过构建sgRNA文库,对人类291个基因进行编辑,每一个基因对应3种不同的sgRNA,通过PCR扩增sgRNA-coding regions,结合高通量测序方法检测sgRNA富集情况,筛选出候选 基因。这种强大的基因筛选策略,不仅能够促进基因的快速识别,而且能够发现基因参与的其他生物过程。

二、方法流程

文库构建

构建sgRNA文库
(3种sgRNA/基因)

病毒感染

• 细胞系:HeLaOC-SC
• 收集病毒,sgRNA稳定表达

细胞筛选

• 流式细胞术筛选绿色荧光细胞
• PCR扩增

测序分析

• 仪器:Illumina
HiSeq 2500
• 分析:sgRNA富集情况

三、研究结果

通过使用sgRNA文库筛选并结合高通量测序,成功鉴定出起关键作用的候选基因。

四、研究结论

通过构建sgRNA文库,在全基因组范围内筛选关键候选基因,为研究基因编辑产生的突变提供了新的思路和方法。

五、参考文献

Zhou Y, Zhu S, Cai C, Yuan P, Li C, Huang Y, Wei W. High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells. Nature. 2014 May 22;509(7501):487-91. doi: 10.1038/nature13166. Epub 2014 Apr 9. PubMed PMID: 24717434.