ATAC-seq

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ATAC-seq ⸺ 研究开放染色质的最优选择

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是一种利用高通量测序对转座酶易接近核染色质进行分析的方法。通过高活性的 Tn5 转座酶将测序接头插入染色质的开放区域,然后通过测序数据来推断染色质区域的可及性,并计算转录因子结合位点和核小体的区域位置。

周期短、范围广、特异性强

理论上最少只利用大约500个细胞就可以快速的得到调控的多维信息,比同类产品节省大约3到5个数量级的细胞;通过 Tn5 转座酶在切割 DNA 时加入接头序列,经过 PCR 扩增即可获得测序文库,该过程数小时内即可完成;可以获得染色体在某个特定的时空条件下所有开放染色质区域,并不仅仅局限于某个转录因子的结合位点,或者某个特定的组蛋白修饰区域。具有“周期短、范围广、特异性强”的优势,已广泛应用于人、小鼠、猪、鸡、牛、扇贝、拟南芥等物种的研究。支持上门服务。

科学方案设计

从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

信息分析

诺禾致源 ATAC-seq 项目通过
转座酶对特定时空开放的核染
色质区域进行切割,获得该时
空下全基因组中所有活跃转录
的调控序列信息,分析转录因
子结合信息、核小体区域信
息、转录调控元件分布等。

ATAC-seq 分析内容 解决问题
标准分析 测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
参考序列比对分析 唯一比对的 reads 分布统计
Peak calling 分析核小体及转录因子结合位点
Motif 分析 转录因子结合序列信息
Peak 峰相关基因注释 Peak 在基因组及功能区上的分布
差异 peak 分析 分析不同样本间差异 peak 峰
相关基因功能分析 Peak 相关基因 GO, KEGG 富集分析
个性化分析、多组学关联分析需联系产品经理进行评估。

悦读高质量测序数据,尽享 HPC 澎湃动力

ATAC-seq 采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目环节

诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、猪、鸡、牛、鹿、扇贝、拟南芥、杨树、苹果、小麦、真菌等物种进行ATAC-seq分析,助力客户科学研究及发表文章。“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。