10x单细胞转录组

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经典案例

肠内分泌细胞具有稳态和损伤诱导干细胞活性

Intestinal Enteroendocrine Lineage Cells Possess Homeostatic and Injury-Inducible Stem Cell Activity

期刊:Cell stem cell
影响因子:23.393
发表单位:斯坦福大学医学院
发表年份:2017年7月

一、研究背景

特异性表达Lgr5及Bmi1的细胞有重新分化为肠道上皮细胞的潜能。本研究结合单细胞RNA-seq及10x单细胞RNA-seq,表明能够表达Bmi1- GFP+ 和Prox1+ 的肠内分泌细胞在稳态及伤病诱导的再生过程中具有小肠干细胞潜能。

二、方法流程

取材

6-12周成年小鼠的空肠,FACS筛选

建库

10x Genomics 单细胞分选扩增建库

测序

Illumina NextSeq 500

分析

细胞亚型,筛选细胞标记物,不同细胞类型比较,筛选特异性表达基因

三、研究结果

1.细胞分型及细胞标记物的筛选

Prox1在大多数小的肠道内分泌细胞中表达,Prox1蛋白在74%的Bmi1-GFP+细胞中都能检测到,并对Prox1-GFP+ Cells 进行10×单细胞转录分析单细胞转录组测序。

2.聚类分析

探索 Prox1 + 细胞的特性及与Bmi1-和Lgr5-细胞的重叠程度,对Prox1-GFP+, Bmi1-GFP+, and Lgr5-eGFP+进行聚类比较,筛选特异性表达的基因。

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四、研究结论

本研究数据显示肠内分泌谱系细胞,包括成熟肠内分泌细胞,具有肠道干细胞活性。Lgr5 + ISCs的更新与分化对于肠上皮层的再生非常重要,这一过程的中断可能会导致或加剧人类的肠道疾病。这个精密的调节过程发生在小肠肠腺的干细胞巢内,并依赖Wnt信号通路。

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